Опубликовано : Окт 26, 2019

Исследования показали, что новый тест ДНК побеждает других при поиске микробов, которые разжигают мозг

анализ крови
                Кредит: CC0 Public Domain

В настоящее время у неврологов нет ни одного теста, который мог бы выявить множественные причины воспалительных неврологических заболеваний, таких как энцефалит и менингит. Но исследователи из Калифорнийского университета в Сан-Франциско говорят, что их новый тест на ДНК обнаружил больше этих патогенных микроорганизмов, чем любой обычный тест в недавно выпущенном исследовании.
                                                                                       

Воспалительные неврологические заболевания являются редкими, дорогостоящими для лечения, трудно диагностируемыми и опасными для жизни.

Новаторский тест, разработанный неврологами в UCSF, приближает врачей к предоставлению пациентам и их близким ответов, которые они ищут. Согласно исследованию, опубликованному в конце прошлой недели в New England Journal of Medicine.

В этом тесте используется последовательность генов для выявления большего числа причин этих таинственных заболеваний, чем в любом другом традиционном тесте, который сейчас используется.

Обычные тесты ищут патогенные микроорганизмы по одному, так что, по словам исследователей UCSF, врачи должны знать, что они ищут, чтобы выбрать правильный тест для выполнения. По их словам, не зная причины этих заболеваний, невозможно понять, какие методы лечения использовать.

«Пациенты с инфекционным и неинфекционным энцефалитом могут быть клинически неотличимы друг от друга», — сказал доктор Майкл Уилсон, доцент кафедры неврологии в UCSF и соавтор статьи вместе с координатором исследования Ханной Сэмпл. «Наличие широкого теста, который либо исключает инфекцию, либо исключает заражение, может реально помочь этим случаям, которые находятся между серой зоной между инфекцией, а не между ними».

Инфекции вызывают менее половины большинства случаев менингита и энцефалита, считают исследователи из UCSF. Остальные в основном связаны с реакциями аутоиммунной системы.

Последнее, что хотят сделать врачи, — это подавляет иммунную систему пациента с инфекцией, потому что последствия могут быть вредными, объяснили Уилсон и другие исследователи. Но это именно то, что нужно пациенту с аутоиммунным заболеванием.

Чтобы предотвратить задержки и ошибки, Уилсон, доктор Чарльз Чиу и другие исследователи UCSF придумали тест, который они называют mNGS, сокращение от метагеномного секвенирования следующего поколения. Он идентифицирует патогены, обнаруженные в спинномозговой жидкости пациента, путем секвенирования генов вторгающихся вирусов, грибков, бактерий или других организмов.

Чиу сказал, что их команда была «откровенно удивлена», обнаружив, что значительная часть диагностированных инфекций — 13 из 58 или 22,4% — была обнаружена только с помощью теста mNGS, несмотря на исчерпывающее и всестороннее тестирование, проведенное в больницах, предлагающих высокоспециализированные неврологическая помощь.

«Это высветило полезность и, возможно, необходимость внедрения в клинику новых диагностических технологий, позволяющих проводить более своевременные и точные диагнозы, которые, как мы надеемся, позволят снизить расходы на здравоохранение, сократить сроки пребывания и в конечном итоге спасти жизни», — сказал Чиу. также директор Центра вирусной диагностики и обнаружения UCSF-Abbott.

U.S. больницы не видят так много случаев этих неврологических заболеваний. По словам Чиу, в 2006 году только 24 из каждых 100 000 граждан США были госпитализированы по поводу менингита, а по поводу энцефалита — около 7 из 100 000 человек.

Несмотря на небольшое количество людей, госпитализированных с энцефалитом, Чиу сказал, что стоимость их лечения составляет 2 миллиарда долларов.

Чтобы найти типы сложных неврологических случаев, необходимых для этого исследования, UCSF получил образцы спинномозговой жидкости от 482 пациентов в восьми медицинских центрах. Взрослых и детей лечили так же далеко, как Детский национальный медицинский центр и так же близко, как медицинский центр UC Davis. Из 482 пациентов 204 завершили исследование.

В 57 случаях тесты показали, что инфекция вызывала симптомы у пациентов, сказал UCSF, и тест mNGS успешно выявил 32 инфекции у 31 пациента. Он не только подтвердил 19 случаев инфекции, обнаруженных в обычных тестах, но также обнаружил 13 патогенных микроорганизмов, которые пропустили другие тесты, включая случай вируса энцефалита Сент-Луиса, который не наблюдался в Калифорнии с 1986 года.

Исследователи UCSF признали, что их новый тест — не серебряная пуля. Хотя он обнаружил больше инфекционных причин, чем любой другой тест, он не смог обнаружить 26 инфекций, выявленных обычными тестами. По их словам, вирус Западного Нила оказался хитрым, потому что вирус приходит и уходит из церебральной жидкости, поэтому он мог отсутствовать, когда делали спинной мозг.

Они также отметили, что ДНК других патогенных микроорганизмов может не присутствовать в спинномозговой жидкости, а другие инфекции были обнаружены в таких местах, как абсцесс мозга или антитела.

Из оставшихся 147 пациентов, завершивших исследование, у 46 имелись неврологические воспаления, вызванные аутоиммунными заболеваниями или другими неинфекционными расстройствами, сказал Чиу, и он и другие исследователи так и не нашли причину воспаления для 101 пациента.

«Тот факт, что 50% этих пациентов по-прежнему не имеют диагноза, несмотря на все тесты, включая mNGS, подчеркивает проблемы», — сказал Чиу. «Вполне вероятно, что у некоторых из этих пациентов были инфекции, но они оставались недиагностированными, как в случае инфекции вируса Западного Нила, упомянутой ранее, или имели пока неописанное аутоиммунное заболевание».

Он и его команда пытаются разработать способ использования алгоритмов или статистического моделирования, которые могут потенциально различать бактериальную инфекцию, вирусную инфекцию и аутоиммунное заболевание, сказал он, и этот процесс может пролить некоторый свет на невыявленные случаи.

Исследователи UCSF также планируют расширить тестирование mNGS для поиска различных заболеваний и других типов жидкостей организма, таких как анализ плазмы крови для диагностики инфекционных случаев сепсиса или анализ дыхательной жидкости для диагностики пневмонии. Они также хотят попробовать другие типы платформ секвенирования, которые могут дать результаты в течение шести часов, а не 90 часов, требуемых для результатов mNGS.

Чиу сказал, что диагнозы всех 58 инфекций были поставлены, когда все пациенты жили, но не все жизни пациентов могли быть спасены. 30-дневная смертность для пациентов в исследовании составила 11,3 процента.

«Некоторые из выявленных инфекций не поддаются лечению, поскольку не существует эффективного лекарства от этой инфекции», — сказал Чиу. «Примером является смертельный случай заражения вирусом энцефалита Сент-Луиса, который был диагностирован с помощью теста mNGS у пожилого пациента с ослабленным иммунитетом из Калифорнии».

Итак, скоро ли пациенты с энцефалитом или менингитом будут проходить тест на МНС в больницах Калифорнии?

«Тест в настоящее время дорог, — сказал Чиу, — и только крупные референс-лаборатории или клинические лаборатории в крупных медицинских центрах, таких как UCSF, имеют ресурсы и опыт для его проведения. Вероятно, он не будет доступен для других больниц, пока тест миниатюрный … или до тех пор, пока затраты на секвенирование не уменьшатся настолько, чтобы сделать этот тест экономически эффективным для больничных лабораторий. «

Spread the love

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *