Опубликовано : Окт 26, 2019

Сверхбыстрое секвенирование генов помогает диагностировать критически больных пациентов

dna test
                Кредит: CC0 Public Domain

В анализе реального воздействия новаторского теста под названием метагеномное секвенирование следующего поколения (mNGS), разработанного учеными UCSF для диагностики пациентов с загадочными воспалительными неврологическими состояниями, была показана методика выявления инфекций лучше, чем у любого стандарта клинический метод.
                                                                                       

«Инфекционная причина половины случаев менингита и энцефалита не диагностируется в больницах по всей стране, и эти тяжело больные пациенты остро нуждаются в лучшем инструменте для тестирования», — сказал Чарльз Чиу, доктор медицинских наук, доктор философии. профессор лабораторной медицины и медицины в UCSF и старший автор нового исследования. В отличие от традиционного тестирования, которое часто определяется догадками врачей, тест mNGS предлагает беспристрастный подход, который может обнаружить почти все возможные патогенные микроорганизмы — бактерии, вирусы, грибки и паразиты — присутствующие в спинномозговой жидкости пациентов, давая врачам четкое направление для лечения.

Исследование, опубликованное 13 июня 2019 года в Медицинском журнале Новой Англии, было предназначено для регистрации только самых сложных случаев. Чтобы соответствовать требованиям, пациент должен был быть госпитализирован с острым неврологическим заболеванием без окончательного диагноза. В исследование были включены 204 педиатрических и взрослых пациента, в основном из Калифорнии, у которых был менингит (воспаление слизистой оболочки мозга), энцефалит (воспаление самого мозга) или миелит (воспаление спинного мозга).

В ходе теста были обнаружены многие из тех же инфекций, которые были идентифицированы обычными лабораторными методами тестирования, которые обычно выявляют патогенные микроорганизмы по одному и требуют, чтобы врачи знали, что они ищут, чтобы добиться успеха. Но он также обнаружил 13 инфекций, которые были пропущены всеми традиционными тестами, такими как случай заражения вирусом энцефалита Сент-Луиса, который не наблюдался в Калифорнии с 1986 года. И в более чем половине этих случаев диагноз mNGS был незаменим в руководстве лечения этих пациентов. В случае заражения вирусом гепатита Е, который был пропущен традиционным тестированием, успешный диагноз mNGS, вероятно, избавил пациента от необходимости пересадки печени.

«Тест mNGS обычно назначается в качестве последней инстанции, и в итоге мы поставили самых сложных пациентов на диагностику», — сказал Чиу, директор Центра вирусной диагностики и диагностики UCSF-Abbott. «Все общепринятые микробиологические тесты в совокупности дают диагнозы менее чем у 50 процентов этих пациентов. Мы показали, что один тест — mNGS — может существенно повлиять на это число».

Всего в ходе теста было выявлено 32 инфекции нервной системы у 31 пациента. Помимо 13 диагнозов, поставленных только mNGS, новая технология подтвердила 19 инфекций, которые также были диагностированы с помощью обычных тестов.

Менее половины случаев менингита и энцефалита вызваны инфекциями. Большинство остальных являются результатом аутоиммунных реакций, при которых собственное тело пациента атакует нервную систему. Однако эти два состояния требуют очень разных способов лечения — подавление иммунитета у пациента с инфекцией может быть вредным, а назначение антибиотиков в случае аутоиммунного заболевания неэффективно и может излишне способствовать устойчивости к противомикробным препаратам — поэтому первое, что должен знать врач, когда лечение таких пациентов — это какая категория воспалительных заболеваний у них есть.

«Пациенты с инфекционным и неинфекционным энцефалитом могут быть клинически неотличимы друг от друга», — сказал Майкл Уилсон, доктор медицинских наук, доцент кафедры неврологии в UCSF и соавтор статьи вместе с координатором исследования Ханной Сэмпл. «Наличие широкого теста, который либо исключает инфекцию, либо исключает заражение, может реально помочь этим случаям, которые находятся между серой зоной между инфекцией, а не между ними».

Новый тест, однако, не идеален, и было 26 инфекций, которые он не мог диагностировать. В большинстве этих случаев ДНК из патогена не присутствовала в спинномозговой жидкости, что требовало анализа другого типа образца, такого как ткань из абсцесса мозга, или использования косвенного метода тестирования, такого как тестирование на антитела, для определения диагноз. Примером в исследовании была вирусная инфекция Западного Нила, которая часто не может быть идентифицирована путем секвенирования вирусного генетического материала, обнаруженного в спинномозговой жидкости, потому что он приходит и уходит так быстро.

В некоторых случаях mNGS обнаруживает признаки инфекций, таких как туберкулез, которые оставляют мало следов в спинномозговой жидкости. Но даже несмотря на то, что эти инфекции не были обнаружены на достаточно высоком уровне, чтобы сообщить об этом окончательно, знание того, что они присутствуют, даже в следовых количествах, может все же помочь врачам, посоветовав им заказать еще один диагностический тест, чтобы подтвердить наличие патогена.

Spread the love

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *