Опубликовано : Авг 21, 2020

Секвенирование генома показывает, что вспышка в Окленде представляет собой единый кластер, за исключением одного случая.

Секвенирование генома показывает нам, что вспышка в Окленде представляет собой единый кластер - за исключением одного случая
Предоставлено: Shutterstock.

Секвенирование генома — картирование генетических последовательностей вируса из подтвержденных случаев COVID-19 с целью отслеживания его распространения — теперь является неотъемлемой частью ответных мер Новой Зеландии на коронавирус. Это обеспечивает большую уверенность в идентификации кластеров и помогает сфокусировать исследования средств отслеживания контактов.

В отличие от первой вспышки, во время которой только 25 из более чем 1000 положительных образцов были генетически секвенированы к середине апреля, результаты секвенирования генома теперь доступны в одночасье, а иногда даже в тот же день. Это позволяет органам здравоохранения выявлять связь между случаями или определять потенциальные источники инфекции гораздо быстрее, чем раньше.

На данный момент этот метод подтвердил, что вторая волна случаев заболевания в Окленде является частью одного кластера, за исключением одного случая, выявленного во вторник, который заразился вирусом в результате контакта с вернувшимся путешественником из США.

Но, несмотря на то, что наши знания быстро растут, мы все еще не знаем, как и где началась нынешняя вспышка.

Секвенирование генома оказалось полезным для понимания кластера

Сейчас в новом кластере Окленда 87 подтвержденных случаев. Все находятся на карантине вместе с некоторыми из своих близких.

С момента подтверждения этой новой вспышки на прошлой неделе технология секвенирования показала свою ценность тремя разными способами.

Во-первых, он выявил новый случай без ссылок на текущий кластер сообщества. В воскресенье у рабочего из изолятора Rydges Hotel был обнаружен положительный результат. Ко вторнику результаты секвенирования показали, что этот случай не является частью более широкого кластера, а скорее соответствует генетическим последовательностям репатрианта из США, который останавливался в Риджесе до того, как дал положительный результат и был помещен в карантин.

Без быстрого секвенирования генома контактные трассеры приложили бы значительные усилия для поиска связи с известным кластером. Вместо этого их работа теперь сосредоточена на выяснении того, как работник заразился и есть ли промежуточные случаи.

Во-вторых, секвенирование генома также показало, что все остальные случаи до сих пор являются частью единого кластера. В основном это ожидалось на основе установленных физических связей, но генетическое подтверждение, тем не менее, ценно.

Отслеживание контактов открывает широкие возможности. Если известный случай посетил школу, церковь или большое рабочее место, может потребоваться тестирование многих сотен людей. Геномные данные могут сказать нам, действительно ли кто-либо из контактов с положительным результатом теста является частью того же кластера или они были инфицированы где-то еще. Когда мы оглядываемся на первую волну инфекций, мы видим, что несколько случаев, которые были отнесены к одному и тому же кластеру, в конце концов, не были генетически связаны, а отслеживание контактов само по себе не является надежным.

В-третьих, было несколько случаев, когда отслеживание контактов давало только неопределенные связи между людьми, но секвенирование подтвердило, что они были частью одного кластера.

Ищем источник

На данный момент геномика дала нам много ценной информации о нынешнем раунде инфекций в Новой Зеландии. Но не удалось установить окончательный источник этой второй волны вспышки. Однако он дал некоторые подсказки.

Это указывает на то, что текущий кластер происходит от так называемой линии B.1.1.1, наиболее часто документируемой в Великобритании, но недавно обнаруженной в Европе, Австралии и Южной Африке. Это происхождение уже наблюдалось раньше в Новой Зеландии, в двух случаях в середине апреля, когда они находились в управляемой изоляции в Окленде.

Это указывает на два возможных сценария. Либо вторая волна связана с недавним вторжением на границу из страны, где была передана эта вирусная линия. Или, наоборот, это результат продолжающейся передачи в Новой Зеландии, начиная с пары, идентифицированной в апреле.

Давайте разберемся с каждым по очереди, начиная с недавней теории вторжения на границу.

Вирус может передаваться в помещениях с управляемой изоляцией, о чем свидетельствует недавний случай с отелем Rydges. Около 40% случаев, обнаруженных в контролируемых учреждениях, не имеют доступной последовательности генома, потому что образец содержит слишком мало вирусного материала. Обычно это указывает на низкую вирусную нагрузку (и низкий уровень заразности), но не исключает передачи. Источник может быть в одном из этих случаев.

Мы также не можем исключить возможность того, что случай, находящийся в управляемой изоляции или где-либо еще на границе, не был обнаружен. Ожидается, что даже при двукратном тестировании (в настоящее время на третьем и двенадцатом днях карантина) не менее 4% случаев будет пропущено из-за ложноотрицательного показателя, который составляет в лучшем случае 20%. Такой высокий уровень ложноотрицательных результатов — одна из причин, по которой нужно настаивать на 14-дневной изоляции.

Затем давайте посмотрим на возможность передачи инфекции в Новой Зеландии с момента первой вспышки. Обнаружив близкое геномное совпадение, мы не можем полностью исключить эту возможность. Но теория также зависит от некоторых маловероятных предположений: что инфекция просочилась в результате управляемой изоляции, передавалась незамеченной в течение примерно 15 поколений, пока, наконец, не была обнаружена, и довольно медленно мутировала за этот период.

Похоже, это очень не похоже на опасный, быстро распространяющийся вирус, который, как мы думаем, нам известен, хотя это также правда, что начальные стадии распространения вспышки могут быть медленными.

В идеале мы должны точно рассчитывать вероятность каждого сценария. Но даже в этом случае недавняя передача через границу явно более вероятна, учитывая присутствие этого штамма во всем мире и отсутствие каких-либо промежуточных случаев, связывающих первую и вторую волны Новой Зеландии.

Даже попытаться определить страну происхождения сложно. Многие линии передачи, включая B.1.1.1, имеют широкое распространение по всему миру. Мы можем понять степень распространения, используя GISAID, глобальную базу данных, в которой используются общие вирусные геномы. Но с учетом того, что в разных странах радикально различаются усилия по секвенированию (из 81 000 геномов в GISAID, 35 000 взяты только из Великобритании), нахождение связи со страной может просто указывать на то, что страна провела много секвенирования. Подход, сочетающий геномные данные с данными обо всех прибывших из-за границы, мог бы быть более плодотворным.

Каким бы ни был источник, мы можем воодушевиться реакцией Новой Зеландии на эту первую известную передачу инфекции в сообществах после первоначальной эпидемии. Новые системы, помогающие понять эпидемию, начали действовать и быстро доказали свою ценность.

Секвенирование вирусных геномов стало частью процесса отслеживания контактов. Полученные последовательности будут полезны для науки далеко за пределами немедленного реагирования, поскольку мы стремимся к более глубокому пониманию этого вируса и эпидемий в целом ./p>

Spread the love

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *