Опубликовано : Сен 17, 2020

Новый инструмент Coronascape поможет получить представление о больших данных для COVID-19

SARS-CoV-2, COVID-19
Раскрашенная электронная сканирующая микрофотография клетки (синий), сильно инфицированной частицами вируса SARS-CoV-2 (красный), выделенной из образца пациента. Снимок сделан в Комплексном исследовательском центре NIAID (IRF) в Форт-Детрике, штат Мэриленд. Кредит: NIAID

Ученые из Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute сегодня объявили о выпуске Coronascape (coronascape.org), адаптированной версии биоинформатической платформы Metascape, которая устраняет препятствия для анализа больших данных для биологов. Coronascape позволит ученым интерпретировать растущее количество больших данных, связанных с COVID-19. С января 2020 года опубликовано более 23000 статей о COVID-19, и это число продолжает расти в геометрической прогрессии.

«Значительное количество публикаций по SARS-CoV-2 содержит крупномасштабные данные OMIC, которые не поддаются интерпретации и действиям для многих исследователей, что создает узкое место в области больших данных», — говорит Сумит Чанда, доктор философии, директор программы иммунитета и патогенеза в Sanford Burnham Prebys и старший член команды Metascape. «Coronascape предоставляет ученым централизованный информационный центр, позволяющий сфокусировать свои усилия по анализу OMIC и сбору данных для поиска эффективных лекарств, методов лечения и вакцин от COVID-19».

Крупномасштабные исследования, отображающие все гены, белки, РНК и многое другое, лежащих в основе биологической системы, называемые исследованиями OMIC, являются стандартными инструментами для современного биолога. Однако интерпретация этих выходных данных больших данных для генерации значимой и полезной информации далека от рутины.

«Для анализа результатов исследований OMIC требуются сложные инструменты и высококвалифицированные специалисты в области вычислений», — объясняет Инъяо Чжоу, доктор философии, директор по науке о данных и инженерии данных в GNF и ведущий архитектор платформы Metascape. «Эти усилия могут быть дорогостоящими и трудоемкими даже для экспертов — на получение полезной информации может потребоваться от дней до недель».

Metascape был запущен в 2019 году учеными из Sanford Burnham Prebys, GNF и Калифорнийского университета в Сан-Диего. Интернет-портал с открытым доступом объединяет более 40 передовых источников биоинформатических данных, что позволяет нетехническим пользователям получать информацию одним щелчком мыши. На сегодняшний день Metascape способствовал анализу больших наборов данных OMIC в более чем 1200 опубликованных научных исследованиях.

«Metascape предоставляет биологам платформу, с которой они могут получить доступ к многочисленным аналитическим инструментам в рамках простого интерфейса и создавать легко интерпретируемые отчеты», — поясняет Ларс Паш, доктор философии, доцент-исследователь. в лаборатории Чанда в Сэнфорд Бернхэм Пребис. «Устранение барьеров для анализа данных для постоянно растущего количества данных о SARS-CoV-2 OMIC, публикуемых мировым научным сообществом, позволяет исследователям уделять больше времени важным биологическим вопросам, связанным с COVID-19, и меньше времени на создание и устранение неполадок данных. рабочий процесс анализа «

«Сила этой технологии заключается в том, что вы можете наблюдать за биологической системой с высоты 30 000 футов», — говорит Кристофер Беннер, доктор философии, профессор Медицинской школы Калифорнийского университета в Сан-Диего и член команды Metascape. «Наш первоначальный анализ независимо полученных наборов данных OMIC для COVID-19 уже выявил множество общих потоков. Когда результаты, полученные от ученых из разных частей мира, совпадают, вы можете начать верить, что то, что вы видите, истинно, и двигаться дальше. «/p>

Spread the love

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *