Опубликовано : Окт 01, 2020

Крупномасштабное секвенирование генома COVID-19 в Норфолке помогает бороться со вспышками

Крупномасштабное секвенирование генома COVID-19 в Норфолке помогает управлять вспышками
Доктор Джастин О’Грейди, Институт Квадрам. Кредит: Джейсон Бай

Углубленный анализ последовательности генома коронавируса, циркулирующего в Норфолке, Великобритания, проведенный исследователями из Института Квадрам и Университета Восточной Англии, позволил картировать распространение вируса, выявить скрытые вспышки и дать представление об эффективности вмешательств по остановить его распространение.

Для этого исследования было секвенировано более 1500 геномов COVID-19, что составляет 42% положительных случаев во время первой волны инфекций. Только в Австралии, Испании, Индии и США секвенировано больше геномов, чем в Норфолке.

Положительные случаи коронавируса поступили из больниц региона, общественных организаций по уходу и проезжали через центры тестирования и были выявлены путем тестирования микробиологической лабораторией Национальной службы здравоохранения (NHS) Норфолка и больницы Норвичского университета (NNUH). Они были секвенированы и исследованы на наличие крошечных изменений, указывающих на разные типы или клоны вируса SARS-CoV-2.

В период с марта по август группа определила 100 различных родословных в Норфолке. В регион было несколько отдельных занесений вируса, в основном из Великобритании или других европейских стран. Количество родословных достигло пика примерно через пять недель после начала национальной изоляции, многие быстро исчезли, что свидетельствует о том, что меры по предотвращению передачи работают.

При проведении более глубокого анализа было обнаружено несколько дополнительных выводов: анализ образцов, взятых во время вспышки на предприятии пищевой промышленности, оказался очень взаимосвязанным, что указывает на то, что вирус распространялся между рабочими фабрики. Определение происхождения вспышки позволило отследить распространение вируса в сообществе и улучшить усилия по отслеживанию контактов. Это помогает определить скрытые пути передачи.

Другая линия происхождения, которая, похоже, связана только с группой домов престарелых, но не встречается в более широком сообществе, была обнаружена и в настоящее время исследуется.

Было обнаружено, что набор связанных с больницей случаев содержит несколько линий происхождения, что дает уверенность в том, что это были инфекции, переданные в сообществе, а не вспышка внутри больницы.

По мере того, как число инфекций снова начинает расти, это свидетельствует о ценности надзора на основе генома на местном уровне и для поддержки общенациональных мер контроля.

Команда Norwich Research Park, возглавляемая доктором Джастином О’Грейди и доктором Эндрю Пейджем, является одним из 19 партнеров британского консорциума COVID-19 Genomics UK, созданного в марте для отслеживания распространения вируса. вирус по всей стране.

Данные передаются британским учреждениям здравоохранения, а также ученым во всем мире в рамках глобальных усилий по пониманию и контролю COVID-19.

Доктор Луиза Смит, директор по общественному здравоохранению Совета графства Норфолк, сказала: «Очень интересно, что мы можем использовать передовые технологии, такие как вирусная геномная эпидемиология, чтобы помочь нам управлять вспышками на местах в режиме реального времени. Это очень ценно — иметь возможность определить, связана ли вспышка с новым занесением вируса или связана с местными случаями, и, наоборот, чтобы иметь возможность отслеживать распространение вспышек среди населения в целом. Я очень ценю и ценю это сотрудничество «.

«Мы считаем, что это дает Норфолку один из самых высоких показателей охвата последовательностей генома на душу населения в мире», — сказал д-р Джастин О’Грейди из Института Квадрам и Университета Восточной Англии. «Секвенирование вирусного генома обеспечивает гораздо большее разрешение, чем традиционные эпидемиологические методы, позволяя нам различать различные кластеры. Это жизненно важная информация, особенно когда мы приближаемся ко второму пику инфекций».

«Мы быстро создали надежный и быстрый конвейер для секвенирования SARS-CoV-2, при этом еженедельные данные о секвенировании возвращаются в национальные усилия по борьбе с пандемией, а также помогают в анализе местных вспышек», — сказал д-р Эндрю Пейдж из Институт Квадрам. «Эти достижения стали возможны только благодаря совместным усилиям ученых, клиницистов, специалистов по обработке данных и эпидемиологов»

«Инициатива COG-UK по обеспечению полногеномного секвенирования SARS-CoV-2 обеспечивает улучшение работы больниц, помогая усилиям по ПИИК и проясняя случаи внутрибольничной передачи, а также сокращая передачу вируса из больниц в общину. «сказал доктор Самир Дервишевич, вирусолог-консультант NNUH

«Кроме того, исследователи Института Квадрам, работающие в партнерстве с вирусологами Норфолка и больниц Норвичского университета и командой по профилактике инфекций, собираются начать дополнительное исследование секвенирования, которое позволит быстро определить распространение SARS-CoV-2 в больницах в течение 24 лет. часов. Быстрое развертывание секвенирования генома в ситуациях вспышки в значительной степени поможет снизить риск распространения инфекции среди наших уязвимых пациентов, а также среди персонала. Этот тип вмешательства не только поможет в ведении пациентов, но и обеспечит такую ​​точность, как возможный анализ внутрибольничной передачи «.

Как и повсюду, большинство выборок было получено от пожилых людей и лишь небольшая часть — от детей. Больше выборок было получено от женщин, чем от мужчин, что свидетельствует о более продолжительной продолжительности жизни, а также о значительной доле женщин среди сотрудников NHS.

Это исследование подтверждает и дополняет наши знания об этом новом коронавирусе. Вирус имеет стабильный низкий уровень генетических мутаций. Мутация в спайковом белке, связанная с повышенной передачей вируса, стала доминировать в Норфолке во время проведения исследования, что отражается во всем мире. Кроме того, не было никаких доказательств повторного заражения в регионе, что добавило доказательств того, что повторное заражение остается редкостью, по крайней мере, на данный момент.

Spread the love

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *